Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Bogor lahir dari Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) 6 (enam) tahun yang dipimpin oleh Bpk. Drs. Fahrurozi, 3 (tiga) tahun pertama menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) yang sekarang berlokasi di Cirimekar dan 3 (tiga) tahun berikutnya menjadi Madrasah Tsanawiyah (MTs). Pendiri pertamanya Bpk. H. Ismail Taufik dan Bpk. H. Imron Rosyadi, berlokasi di Cikempong. Saat itu masih merupakan kelas jauh (filial) pada tahun 1990 dari MTs Negeri Bogor, Kota Bogor. Madrasah Fillial Bogor yang saat itu dipimpin oleh Bapak Suja’i, BA. berlokasi di Cibinong (sekarang RS. Tri Mitra) Al-Huda, karena kelas terbatas dan banyak masyarakat berminat belajar di madrasah, lokasi berpindah ke belakang gudang air Cikempong. Setelah Bapak Suja’i, BA. kemudian dipimpin oleh Bapak Drs. Nurdin dan selanjutnya oleh Bapak Drs. H. Nuryani sampai tahun 1996. Kepemimpinan Bapak Drs. H. Nuryani ini mengukir sejarah pertama MTs Negeri Cibinong, yaitu perubahan status dari Fillial menjadi MTs Negeri Cibinong berdasarkan Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 244 Tahun 1993 tanggal 25 Oktober 1993 yang berlokasi di daerah Pemda (belakang Pondok pesantren Daruttaqwa) yang sekarang Yaperi.

Pada tahun 1996 MTs Negeri Cibinong pertama kali menerima murid baru di gedung yang baru dengan jumlah pendaftar sebanyak 3 (tiga) kelas (kelas jauh). Dengan perjuangan berbagai pihak dan atas ridho Allah SWT., selanjutnya MTs Negeri Cibinong membangun gedung di atas tanah milik Pemerintah Daerah Kabupaten Bogor seluas 7.300 m2 mulai dari pengurusan status tanah, pembebasan lahan, pembagunan fisik dan pembangunan prestasi. Ukiran prestasi telah banyak diraih oleh MTs Negeri Cibinong yang kini berubah nama menjadi MTs Negeri 3 Bogor (sesuai dengan Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 212 Tahun 2015) baik prestasi akademik maupun non akademik. Namun demikian masih banyak pekerjaan rumah yang belum dapat terselesaikan oleh Madrasah ini, potensi besar yang dimiliki oleh MTs Negeri 3 Bogor harus digali dan dikembangkan setahap demi setahap sehingga madrasah ini mampu menjadi madrasah terbaik di kabupaten Bogor bahkan di Jawa Barat

Adapun Kepala Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Bogor dari masa ke masa, yaitu:

1.  Drs. H. Nuryani HS (1994-1998) 
2.  Drs. H. Ahrud (1998-2002) 
3. H. Naman Samin, S.Ag. (2002-2005) 
4. Dra. Hj. Euis Heryani, M.M.Pd. (2005-2011) 
5. Drs. H. Ma’sum, MM. (2011-2016) 6.
6. Dra. Hj. Lili Agusetiawati, M.Pd.I. (2016-2020) 7.
7. Miman Hilmansyah Misbah, S.E., M.Pd. (2020-sekarang)